我院肾病科是由1955年建院时的内科肾病组发展而来，1990年成为独立的二级学科，是我省中医院和市级医院中最早建立的肾病专科。现为陕西省中医重点专科、西安市医疗优势专科。肾病科护理团队在2014年被陕西省卫计委评为护理明星科室。目前设肾病专科门诊、门诊专病治疗室、病房及血液净化中心。同时承担姚树锦全国名老中医药专家工作传承室、肾病科重点专科研究室工作。拥有全国名老中医经验继承导师姚树锦，陕西省老中医药专家学术经验继承导师孙洽熙、曹广顺等著名老中医专家。现任科主任王维英，陕西省名中医，教授，研究生导师。现职人员中有高级职称7人，国家级名老中医继承人5名，硕士研究生6名，临床研究生4名。肾病科年门诊量20100人次，年收治患者800余人次。病员群覆盖全省及山西、河南、甘肃、宁夏、内蒙等省区。
我科用中医中药和中西结合方法诊治各种肾小球疾病、肾小管-间质疾病、急、慢性肾衰竭及内科疑难重症均有较好疗效，尤其是中医药综合序贯治疗慢性肾功能衰竭、药针雾三维治疗肾性血尿疗效突出。开展了中药结肠透析、中药皮肤透析、中药贴敷、电脑肾病治疗仪、中药穴位注射、耳穴埋豆等中医特色治疗方法。研制了系列疗效独特的院内制剂如：肾衰清宁胶囊、血尿宁胶囊、肾衰复原胶囊、降氮排毒液、生地茅根合剂、消肿合剂、解毒通淋合剂、益肾合剂、肾病康复丸、滋肾固精颗粒、扶正抗感胶囊等。
科室血液净化中心建立于1996年，是我省中医院和我市市级医院中第一家，同时被市卫生局命名西安市血液净化中心，拥有一流的血液净化设施，多种功能不同的透析机18台，长期维持透析病人逾50余人。我院也是我省中医院和市级医院中最早开展腹膜透析的单位，还积极开展腹膜透析液中加入中药制剂治疗急慢性肾功能衰竭的临床研究，配备专职护士定期家访，实行家庭－门诊－病房一条龙服务。